通常情况下口服甲巯咪唑2～3周甲亢症状就会逐步好转，4周后甲功就可能控制在正常范围，如果伴发的眼疼眼胀、畏光流泪没有相应改善，需要高度重视，尽早对突眼进行干预。
甲亢突眼早期常规治疗通常采用人工泪液保护角膜防止干眼症和角膜暴露，每天口服100微克硒制剂，以及劝导患者戒烟等措施，据研究甲亢突眼早期连续口服硒制剂6个月能显著改善甲亢突眼的生活质量;吸烟能诱发和加重突眼并使突眼对治疗敏感性下降、治疗难度增加，2021年欧洲甲状腺眼病管理指南将高脂血症列为甲亢突眼的又一危险因子，服用他汀类降血脂药物对突眼治疗和预防有一定意义。通过以上处理大多数患者甲亢突眼会有所改善，但仍有部分患者病情难以控制，持续恶化导致突眼越来越重，发展成中重度突眼，需要进行激素冲击和手术治疗。
在甲亢突眼早期并不提倡使用激素和放射治疗，大多数有症状的突眼患者在就诊过程中逐步加重，最终不得不采用激素冲击或手术治疗，甲亢突眼早期治疗主要是对症治疗，避免眼睛受到物理刺激，保护眼睛免受角膜暴露导致的角膜炎症，口服硒制剂也是针对缺硒地区患者开展，对富硒地区患者是否有效还没有定论。
核医学近距离照射治疗甲亢突眼是比较安全的甲亢突眼治疗方法，由于采用低剂量射线对突眼进行照射，因此很少有副作用，其疗效也非常肯定，低剂量射线具有很强非特异性抗炎作用，接受低剂量辐射的血管和细胞都会产生一系列对人体有益的效应，其中血管壁稳定性增强，血管壁表达细胞粘附因子减少，炎性细胞附壁粘附于血管壁功能降低，游走出血管壁参与组织间炎症反应的炎性细胞减少，炎性细胞受到低剂量射线照射后其稳定性增强释放炎性因子减少，这一系列反应都会减轻眼眶组织炎症，低剂量射线的抗炎作用是明确的，这是核医学最可能治疗机制。
