该系统采用超导回旋加速器技术，利用360°旋转机架可实现多角度治疗，配备了国际先进的治疗计划系统、放疗信息管理系统、三维图像引导系统、呼吸门控系统、最新笔形束扫描技术及六维机器人患者摆位系统，从硬件到软件，实现一体化质子放射治疗。

目前，中心二期国产首台套比对验证基地项目配置的国产首台套质子放射治疗系统已完成安装，正在紧张调试，投入使用后将成为国际上唯一一家拥有2套质子放射治疗系统的医疗机构。

中心一期项目配备瓦里安质子放射治疗系统，拥有3个旋转机架治疗室和1个水平固定束治疗室。二期项目配备中科离子自主研制的质子放射治疗系统，拥有1个旋转机架治疗室和1个固定治疗室。

中心一期质子项目于2015年10月正式启动;2017年6月，开工建设。2021年7月，获得国家卫健委颁发的“质子放射治疗系统准予许可”;11月，获得国家生态环保部颁发的“辐射安全许可证”;12月，正式开始临床试验;2022年3月，临床试验首批入组患者完成治疗顺利出院;8月，质子治疗临床试验完成。