台北癌症中心质子治疗中心于2018年3月开始建设，2020年12月开始吊装回旋加速器和旋转机架，采用IBA第四代超导型质子治疗系统，多功能合一，配备笔形束扫描技术和锥形束CT(CBCT)。院长邱仲峰表示，虽然只有一个治疗室，但它的使用跟普遍性非常广大，现在可用直线加速器治疗的癌症患者，有80%左右会使用这台质子治疗设备来治疗。
质子治疗室
台北癌症中心还拥有细胞治疗中心、分子肿瘤医学团队、癌症多专科团队联合门诊、整合式儿童肿瘤中心、智慧就医服务、癌症全人医疗照护、次世代基因精准实验室、癌症临床试验中心、癌症研究中心等。建成后的台北癌症中心将成为台北医学大学体系内发展癌症医疗及研究的领导核心，提供国内外癌症病人更专业完善的全方位整合治疗。将有效整合台北医学大学体系在癌症领域投注的庞大资源，发挥癌症治疗与教学研究的最大综效。
